Monumento mais antigo de Macapá, com um estilo de arquitetura que os jesuítas trouxeram da Europa, a Igreja de São José foi inaugurada em 6 de março de 1761, com a presença do governador do Pará, Manuel Bernardo de Melo. Seu primeiro vigário foi o padre Joaquim Pair.
De lá pra cá passou por várias reformas e restaurações. Sua arquitetura original passou por algumas mudanças, como é possível comparar nas fotos. Originalmente ela tinha apenas uma porta.

O prédio tem 33 metros de comprimento, 13m de largura e 13m de altura. O período de construção foi de três anos e dividiu-se em duas etapas: primeira, com o altar-mor e, logo em seguida, a nave central.

Mas esta não foi a primeira igreja dedicada a São José construída em Macapá. De acordo com o professor, historiador e presidente de honra da Academia Amapaense de Letras, Nilson Montoril, o primeiro templo dedicado a São José era bem humilde, tendo um altar de madeira, sobre o qual ficava a imagem do santo e deve ter sido construída  no final do ano de 1751, na área onde está erguida a Fortaleza. Pouco tempo depois, ainda no mesmo local, foi erigido um novo templo, em taipa e coberto de palha. A Paróquia de São José de Macapá foi criada em 1752, sendo nomeado como Vigário o Pe. Miguel Ângelo de Moraes, presente no povoado desde novembro de 1751.

Exemplo de féApesar da idade este senhor percorreu de joelhos a nave da Igreja de São José desde a entrada até o altar